Nytt verktøy for miljøovervåkning av lakseoppdrett

I september møttes partnerne i et laboratorium på NMBU på Ås for en felles workshop.

– Målet med workshopen var å hente ut og analysere arvestoffet til bakterier som lever i sedimentet på havbunnen. I analysene ser vi nærmere på et spesifikt gen som finnes i arvematerialet til alle bakterier, og som kan fortelle oss hvilke bakterier vi har i sedimentprøvene, sier Inga Leena Angell i en pressemelding. Hun er overingeniør i mikrobiologi-gruppen på fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap ved NMBU.

Analyserte prøver fra Oslofjorden

Forskerne undersøkte sedimentprøver fra 30 meters dyp nær Håøya i Oslofjorden.

– Analysene viste en høy andel av bakterie-slekten Sulfurovum, en slekt som vi tidligere har vist å være assosiert med dårlig miljøtilstand, sier prosjektleder og NMBU-professor Knut Rudi.

Arvestoffet ble hentet ut ved hjelp av en teknikk som er utviklet ved NMBU. Fordi det ikke kreves tungt og avansert laboratorieutstyr, kan denne teknikken brukes f.eks. om bord på en båt. De resterende trinnene som omfatter oppkopiering og avlesning av det spesifikke genet gjøres på små, mobile instrumenter som kan brukes hvor som helst så lenge man har tilgang på strøm.

– En stor fordel med denne teknikken er at vi får kunnskapen med en gang, og at den kan utføres ute i felt, sier Rudi.

Behov for nye verktøy

– Det er et sterkt behov for miljøovervåkning som også inkluderer bakterie, sier Rudi.

I dag overvåkes miljøpåvirkningen fra akvakulturnæringen ved at bunndyr telles og identifiseres manuelt. Dette arbeidet krever imidlertid spesialkompetanse og tar lang tid å gjennomføre. Bakterier, som finnes over alt, har også vist seg å være gode indikatorer på miljøpåvirkning. Ved å inkludere disse i miljøundersøkelser, i tillegg til bunndyrsanalyser, vil man kunne få et enda større bilde av miljøstatus. I tillegg vil bruk av analyser av arvestoff bidra til raskere svar.

Felles innsats

– Det er veldig positivt å få samlet samarbeidspartnerne i prosjektet inne på laboratoriet her på NMBU. Det er den samlede kunnskapen og kompetansen vår som skal sikre god innovasjon og utvikling av de nye verktøyene for miljøovervåkning, sier Rudi.

I prosjektet skal først resultater fra tradisjonelle analyser sammenlignes med nye, DNA-baserte metoder. Deretter vil det bli etablert en database med DNA-data som kan brukes til å beskrive miljøtilstand direkte. Slik kan ny DNA-kunnskap komplementere kunnskap som er bygd opp over flere tiår ved bruk av tradisjonelle analyser.

For å sikre at teknologien og kunnskapen skal komme hele næringen til gode ønsker vi å presentere dataene våre til Standard Norge med mål om å få den DNA baserte metoden inn som et supplement til dagens metode for miljøovervåkning ved prosjektslutt.

– Målet vårt er ikke å erstatte de tradisjonelle analysene, men å sikre en overgang til også å ta i bruk mer moderne analyseverktøy, som DNA analyser representerer, sier Rudi.